Gıdalarda yaygın olarak bulunan küfler

Alternaria: Bitkisel ürünlerin çoğunda bozulmaya neden olurlar. A.solani patateslerde sert çürüme yapar. A.teneus meyvelerde mavi küf çürümesine neden olur. A.radicina havuç ve kerevizde, A.brasicae marulda siyah benekler oluşturur. A. citri ise greyfurt ve portakal gibi meyvelerde yumuşak çürümeye neden olur. A.tenussima ise tarla küfüdür.
Botrytis: Bitki ve bitkisel gıdalar üzerinde gri küflenmeye neden olur. B.cinerea bağlarda küllenme hastalığını yol açar. Turunçgiller, çilek, armut, üzüm gibi birçok meyvede gri küflenme yapar. B.allii soğanlarda gri çürüme yaparak dokuları yumuşatır.

Byssochylamys: Askosporları ısıya dayanıklı olduğu için özellikle yüksek asitli gıdaların bozulmasında önemli rol oynar. B.fulva ve B.nivea ısıl işlem görmüş asidik gıdaların özellikle konserve meyve ve meyve sularının bozulma etmenidir.

Cladosporium: Kültürde kadifemsi, zeytin renginden siyaha değişen pigment oluşturur. C.herbarum sığır eti ve dondurulmuş kuyruk yağında siyah benek oluşturur. Bazı türleri ise tereyağı ve margarinde bozulma yapar.
Fusarium: Birçok sebze ve meyvenin bozulmasına neden olan bu küfler muzlarda görülen boyun çürümesine neden olur. F.culmorum tereyağında pembe lekeler oluşturur.

Geotrichum: Gıdalarla temas eden alet ve ekipman üzerinde geliştiği için makine küfü denilmektedir. Bu durum özellikle domates işletmelerinde görülür. G.albidum turunçgillerde ve süt kremasında ekşimeye neden olur. Et ve sebzelerde de yaygın olarak bulunur.

Mucor: M.lusitanicus etlerde püsküllenme hastalığına neden olur. Etin donma sıcaklığına yakın bir sıcaklıkta saklanması sırasında bu küfler sporlanma yapmadan beyaz renkli, tüylü yapıda miseller oluştururlar.

Rhizopus: Çeşitli sebzeler ile elma, armut, üzüm, incir gibi sert çekirdekli meyvelerde yumuşak çürümeye neden olur. Buzdolabı sıcaklığında saklanan bazı etlerde ve kuyruk yağında siyah benekler oluşturur.

Trichothecium: T.roseum pembe renkli pigment oluşturur ve meyvelerde pembe renkli kök çürümesine neden olan tek türdür.

Depo ve Tarla Mantarları
Gelişen ekinlerin hasat zamanına kadar genellikle nem oranı yüksektir. Bu da ilgili mikobiyotaya yansımıştır: çoğunlukla kserofiliklerden çok hidrofillikler vardır ve enerji sağlamak için karbonhidratları parçalayacak enzimler üretirler. Çoğu durumda selüloz ve pektinaz gibi yapısal bileşenleri yıkan ve bitki dokularına girmeye izin veren enzimler üretilir. Tarla küfleri arasında Fusarium cinsi en önemli küf olarak düşünülmektedir. Mikotoksin üreticisi olmaları yanında birçok bitki hastalığına da sebep olmaktadır. Bir tarla bitkisi olgunlaşamaya başladığında kurumaya başlar, Fusarium büyümeyi durdurur ve çoğunlukla ölür. Fusarium oxysporum bir istisnadır. Çünkü üretilmiş çeşitli gıdalardan izole edilmiştir. Depo bozulmalarının önemli bir nedenidir.

Tarla mantarlarının diğer bir grubu Dematiacous Hyphomycetes. Bu grup iyi bilinen Alternaria, Cladosporium, Curvularia, Drechslera, Stemphylium ve Ulocladium cinslerini kapsar. Bu cinslerden Alternaria ürettiği mikotoksinler nedeniyle muhtemelen en çok ilgilenilendir. Diğer yandan, depolanmış tohumlarda ve tahıllarda büyüme olmadan var olmaları tazeliğin bir indikatörüdür.