Eubacteria

16S rRNA nükleotid baz dizilişlerine dayalı Eubacteria filogenisi ile 12 ayrı grubun varlığı gösterilmiştir (Şekil 2.2). Bazı grup üyeleri filogenetiksel olarak birbirleriyle yakın ilişkilidir. Ancak bazıları da birbirinden oldukça uzaktır. Yeşil bakteriler veya spiroketler gibi daha önceleri morfolojilerine ve fizyolojilerine bakılarak oluşturulmuş gruplar, nükleotid baz dizilişleri ile de aynı grupları oluşturmuşlardır.

Aquifex/Hydrogenobacter grubu: H2 veya indirgenmiş kükürt bileşiklerini oksitleyebilen hipertermofil bakterilerdir. Aquifex 95°C'ye kadar gelişebilir.

Thermotoga grubu: Thermotoga şimdiye dek sadece jeotermal deniz sedimentlerinden izole edilmiştir. Anaerobik, fermentatif bir organizma olup, 55-90 °C (optimum 80 °C) de gelişebilir.

Yeşil kükürtsüz bakteriler (Chloroflexus grubu): Bu grup üyeleri termofil olmalarına rağmen, hipertermofil değildir. Örneğin; Chloroflexus.

Deinococci ve akrabaları: Bu grup birbirinden tamamen farklı 2 alt gruptan üyeleri içermektedir. Deinococcus Gr (+) olup, radyasyona oldukça dirençlidir. Thermus alt grubu ise, Gr (-) ve termofildir.

Spiroketler: Kendilerine özgü morfolojik özellikleriyle diğer Eubacteria'dan ayrılırlar. Serbest olarak veya bir konukçu üzerinde yaşayabilirler. Hücre morfolojileri kıvrık, silindirik yapıdadır. Hücrenin bir ucundan başlayıp, öteki ucuna uzanan aksial filament yada fibril adı verilen yapı bulunur. Sıvı ortamda dönme hareketi yaparak, viskoz ortamda tiribuşan gibi ilerleyerek, katı ortamda ise kıvrılarak ya da yılankavi hareketlerle ilerleyen organizmalardır.

Yeşil kükürt bakterileri: Bu bakteriler obligat anaerop ve fototrofiktir. Klorosom adı verilen benzersiz fotosentetik pigmentleri ile diğer Eubacteria'dan kolaylıkla ayrılırlar.

Bacteroides/Flavobacteria grubu: Bacteroides grubu üyeleri Gr (-) ve obligat anaerop olup, fermentatif, çubuk şeklinde mikroorganizmalardır. Flavobacterium alt grubu üyeleri de çubuk şeklinde, filamentli organizmalardır ve kayarak hareket ederler.

Plantomyces ve akrabaları: Bu grup, peptidoglukanı olmayan, tomurcuklanan, protein yapısında bir hücre duvarı içeren, obligat aerobik ve büyümeleri için oldukça seyreltik besi ortamına ihtiyaç duyan organizmaları içerir. Doğada çeşitli yüzeylere asılı olarak bulunurlar.

Chlamydia grubu: Bu grup, obligat hücre içi parazit olan Chlamydia'yı içerir. Chlamydia genellikle cinsel ilişkiyle bulaşarak veneral enfeksiyonlara ya da körlüğe neden olabilir.

Gram (+) Bakteriler: İster kok, ister çubuk şeklinde olsun Gr (+) Eubacteria üyeleri diğer tüm gruplardan farklıdırlar. Bu grup içinde endospor oluşturanlar, laktik asit bakterileri, anaerobik ve aerobik koklar, coryneform bakteriler, actinomycetes üyeleri ile hücre duvarı olmayan mikoplazmaların bir kısmı dahi vardır. 16S rRNA nükleotid baz dizilişine göre Gr (+) Eubacteria temelde iki gruba ayrılır: düşük GC baz oranına sahip Clostridium, Bacillus, Streptecoccus, Lactobacillus ve Staphylococcus bir grupta iken yüksek GC baz oranına sahip Actinomycetes'ler diğer grubun tipik temsilcileridir.

Mavi-yeşil algler (Cyanobacteria): Oksijenli fotosentez yaparlar ve klorofil a'yı fotosentetik pigment olarak taşırlar. Bu nedenle bu bakterilerin fotosentetik sistemi ökaryotik fotosentetik sistemine büyük benzerlik gösterir. Fikobilin fotosentetik pigmenti fikobilisom adı verilen hücre içi partiküllerde yer alır. Bunun yanında fikosiyanin ve fikoeritrin gibi pigmentler de içerirler. Cyanobacteria üyelerinin çoğu zorunlu fototrofik karakterdedir. Bazıları ise karanlıkta kemoheterotrofik özellik gösterir. Şekil ve görünüş yönünden de oldukça çeşitlilik gösterirler, bir kısmı tek hücreli iken bir kısmı filamentli yapıdadır.

Cyanobacteria üyeleri Gr (-) hücre duvarı yapısına sahiptir ve hücre duvarı peptidoglukan yapıdadır. Zor şartlara dirençlidirler. Filamentöz yapıdaki bakterilerde akinetler bulunur. Ortam şartları uygun hale geçince akinetler çoğalarak, vejetatif hücre formuna dönüşürler. Bazı filamentli Cyanobacteria'da azot fiksasyonuna yarayan heterosist adı verilen boş hücre görünümlü yapılar bulunur.

Cyanobacteria üyeleri morfolojilerine göre 5 grupta toplanabilir:

1. Kok yada çubuk şeklinde, tek hücreli ve ikiye, çoğa bölünerek yada tomurcuklanarak çoğalırlar. Örneğin, Gloebacter, Gloecapsa, Gloeothece.

2. Çoğa veya ikiye bölündükten sonra bölünen hücrelerin ayrılmadığı grup üyeleri. Örneğin Dermocarpa.

3. Heterosist oluşturmayan filamentli Cyanobacteria. Örneğin Oscillatoria.

4. Heterosist oluşturan filamentli Cyanobacteria. Örneğin Anaebena ve Nostoc.

5. Dallanmış filametli Cyanobacteria. Örneğin Fischerella.

Cyanobacteria üyeleri hızlı çoğalmaları nedeniyle organik kirlenmelerde ötrafikasyona neden olabilirler. 75 °C de dahi yaşayabilen termofilik türleri vardır. Hemen hepsi fototrofik olmasına rağmen kemotrofik olanları da vardır. Hücre duvarı ve ribozomları yönünden prokaryotlara benzerler. Klorofil a taşımaları ve O2 ile fotosentez yapmaları yönünden de ökaryotlara benzedikleri için bazı araştırmacılar Cyanophyta adını verirler. Bu özelliklerinden dolayı geçiş formu olarak ta adlandırılırlar.

Mor bakteriler: Bu grup tüm Eubacteria içinde en büyük ve en fazla fizyolojik çeşitlilik gösteren gruptur. Hem fototrofik (eneji kaynağı ışık kullanırlar), hem de fototrofik olmayan üyeleri içermektedir. Örneğin; Rhodobacter.