Natural= Doğal sistemler: (1760-1880)

Bu devirdeki sistematikçiler artık birkaç karaktere göre sınıflandırma yapılamayacağını anlayarak mümkün olduğunca fazla karakter kullanarak bitkileri doğal olarak sınıflandırmaya başlamışlardır.

Michel Adanson (1727-1806) ile başlayan ve nümerik taksonominin babası da sayılan Adanson çok sayıda karakteri kullanıp bugün bilinen çok sayıdaki ordo ve familyaları birbirinden ayırt edebilmiş ve gruplandırmıştır.

Bernard De Jussieu (1699-1777) ve yeğeni A.L. De Jussieu (1748-1836), bunlardan sonra  De Candolle’ler (1778-1893) dönemi, Robert Brown (1773-1858) kendi sistemlerini kurup, bitkiler bugünkü gruplara çok yakın kategorilere ayırmışlardır.

Bu devrin en önemli sistemi iki İngiliz tarafından ortaya atılan ve onların adları ile bilinen Bentham-Hooker sistemidir.  Bu sistem bir diğer İngiliz araştırıcı Darvin dönemine rastlamakla beraber Darvin 1859’da Türlerin Kökeni adıl eseri yayınladığında araştırıcılar sistemlerinin yarısına ulaşmışlardı.  Bu nedenle sistemlerine evrimi yansıtmadılar.  Ancak büyük bir tesadüf eseri sistemleri bugün kullanılan filogenetik sistemlerle büyük benzerlik göstermekle birlikte, çam (Pinus) ve benzer kozalaklı bitkilerin tek ve iki çenekliler arasına konması zamanımız sistemleri ile çelişkilidir.  Ancak bu sistem halen Avrupa’nın, İngiltere başta olmak üzere bazı büyük herbaryumları (kurutulmuş bitki örneklerinin saklandığı müzeler) tarafından kullanılmaktadır.

19. yüzyıl başlarında dünyanın her yanından gittikçe daha çok toplanan bitkilerin, Avrupa’nın botanik müzelerinde (botanik bahçe ve herbaryumlarında) birikmesi ve yeni araştırma aletlerinin (örneğin mikroskop) keşfi bitkiler hakkındaki bilgilerimizin artışına yol açtı.  Böylece sınıflandırmada sadece belirli bir karaktere dayanmaktansa tüm organlardaki (vegetatif ve floral) benzerliklere  dayanmanın daha doğal sistemleri doğurduğu anlaşıldı.

Bu dönemin taksonomistlerinden M.Adanson (1727-1806) bütün yapay sistemleri reddetmiş ve aşağı yukarı günümüz ordo ve familyalarının eşdeğeri olan taksonları "Familles des Plantes" adlı eserinde tanımlamıştır.  "Lamarkizm" teorisiyle iyi tanıdığımız J.B.A.P.M. de Lamarck (1744-1829) ilk adlandırma anahtarını hazırlayan taksonomisttir.  De Jussieu’lar  (üç kardeş ve bir oğul) bitkileri bir ve iki çenekli, ovaryum durumu, petalin varlığı veya yokluğu, serbest veya bileşik oluşu gibi özelliklere dayanarak sınıflandırdılar.  Birçok bitkiyi bugün bildiğimiz gibi sınıflandırmalarına karşın, birçoğunu da doğal olmayan bir şekilde bir araya getirmişlerdir.  Bu devrede daha birçok taksonomist sınıflandırma şekilleri geliştirmişlerdir.  Örneğin dede, baba, oğul de Candolle’lar, Bentham ve Hooker gibi.  Her taksonomistle, bitki sınıflandırması bir adım daha ilerlemiş ve günümüzdeki bilgilere yaklaşmıştır.  Darwin’in The Origin of Species adlı eseri ve Wallace’nin araştırmaları bu dönemi otomatikman kapatmıştır.